Appeso alla scarpata del piccolo monte, affacciato sulla Valle reatina, vi si avverte una presenza suggestiva. Francesco ha amato questo luogo. Ospite dei monaci di Farfa, vi trova una minuscola cappella, dedicata a Santa Maria e detta della Maddalena.
Varie volte era salito sul Monte Rainiero, da lui ribattezzato Fons columbarum, dalla fonte che è posta ai suoi piedi, e alla quale aveva visto abbeverarsi delle piccole colombe.
Nel settembre del 1223, Francesco sale a Fontecolombo con frate Leone, Bonizio da Bologna e qualche altro: in questo mese mette le mani alla stesura definitiva della Regola scritta per i suoi Frati, approvata il 29 novembre 1223 da papa Onorio III e ancor oggi valida per tutti i frati minori.
Fontecolombo è testimone anche delle sofferenze e delle malattie di s. Francesco. Durante il soggiorno nel 1225, un anno prima della morte, Francesco fu convinto da frate Elia a lasciarsi operare agli occhi per una grave malattia che aveva contratto in Terra Santa. Il cauterio lo attendeva. I frati fuggirono dalla stanza impressionati, mentre il medico affondava il ferro rovente dagli occhi fino alle orecchie. Si narra che Francesco non sentì dolore.